关于明太祖朱元璋是否曾组织向日本移民的问题，目前尚未在正史中发现明确记载。明代官方文献如《明实录》《大明会典》中，均未提及任何官方主导的移民日本行动。朱元璋在位期间（1368-1398）的对外政策核心集中于重建朝贡体系与巩固海防，其颁布的"片板不许下海"禁令更是严格限制民间对外交往。据《明史·日本传》记载，洪武二年至五年间，朱元璋曾七次遣使赴日，主要目的为要求日本遏制倭寇侵扰及建立朝贡关系，而非人口迁移。
值得注意的是，明代中日间存在特殊的人口流动现象。洪武二十五年（1392），朱元璋批准琉球"闽人三十六姓"移民计划，这批精通航海与外交的福建移民经琉球中转，部分人员可能参与了中日贸易活动。此外，日本南朝遗臣在南北朝统一后，其部属中确有华人后裔经对马海峡进入九州地区，但这属于前代移民的延续。江户初期朱舜水等明遗民东渡，则发生在两个世纪后的明清鼎革时期，与洪武朝无直接关联。
考古发现显示，15世纪长崎、博多等港口出土的明代青花瓷数量较14世纪激增300%，侧面印证了勘合贸易兴盛背景下的人员往来。但移民活动始终未形成规模性政策，更多是民间自发的商贸、文化交流。日本《大乘院寺社杂事记》中记录的1451年宁波商船来航事件，恰说明即便在郑和下西洋时期，中日人员往来仍受严格管控。因此，所谓"朱元璋移民日本"之说，很可能是后世对明代东亚海域复杂人口流动的误读。
